Newsletter · 2026-06-25 · Ashutosh Agarwal

Le criblage basé sur la physique s'impose au BIO 2026, l'architecte d'AlphaFold John Jumper rejoint Anthropic

Newsletter sur la découverte de médicaments par IA pour la semaine du 19 au 25 juin 2026. Au BIO 2026, le criblage virtuel basé sur la physique (Sandbox AQ avec NVIDIA BioNeMo) a pris le pas sur les modèles de langage, l'architecte d'AlphaFold John Jumper a quitté DeepMind pour Anthropic, et Eli Lilly a dominé l'actualité des transactions tandis que les pure players de la techbio IA sont restés discrets.

La lettre hebdomadaire sur la découverte de médicaments par IA

Semaine du 25 juin 2026 : le criblage basé sur la physique s'impose au BIO 2026, l'architecte d'AlphaFold John Jumper rejoint Anthropic

En bref

• Le centre de gravité de la semaine a été le BIO 2026 à San Diego, où Sandbox AQ a annoncé un partenariat de criblage virtuel basé sur la physique avec NVIDIA BioNeMo, et où l'argument le plus fort a été que la découverte de médicaments doit dépasser entièrement les modèles de langage.
• John Jumper, le lauréat du prix Nobel à l'origine d'AlphaFold, a quitté DeepMind pour Anthropic, et a accordé une interview rare redéfinissant AlphaFold comme un prédicteur étroit et conçu de manière ciblée, plutôt qu'une AGI biologique généraliste.
• Eli Lilly (LLY) a dominé l'actualité des transactions : un accord de recherche de 1,9 milliard de dollars avec Abbisko, la clôture de l'acquisition de Centessa pour 7,8 milliards de dollars, des offres de stalking-horse pour les plateformes génomiques de Sangamo, en faillite, un accord neuro avec BioArctic, et un programme controversé d'usage compassionnel à patient unique pour son médicament de nouvelle génération contre l'obésité, le Reditrutide.
• Les pure players de la techbio IA (RXRX, SDGR) sont restés discrets, sans flux de podcast ou d'actualité spécifique à ces entreprises cette semaine, mais tous deux ont progressé grâce à un regain d'intérêt plus large pour les small caps de la santé.

Ce qui est nouveau

Le criblage basé sur la physique devient courant au BIO. Le PDG de Sandbox AQ, Jack Hittery, a annoncé en direct depuis la conférence un partenariat permettant aux entreprises pharmaceutiques d'« utiliser une combinaison de BioNeMo, une plateforme vraiment solide de NVIDIA pour le marché biopharmaceutique, et d'AQ State » pour cribler des ligands ciblant les GPCR, la même classe de récepteurs que l'Ozempic et le Mounjaro, en compressant les délais « de plusieurs décennies » à « quelques semaines ou mois » (Squawk on the Street, 23 juin). Hittery a souligné que « plus de 30 % de tous les nouveaux médicaments soumis à la FDA ciblent cette cible », et que l'outil prédit non seulement la liaison, mais aussi le mécanisme d'action, agoniste ou antagoniste.

L'architecte d'AlphaFold rejoint Anthropic. Sur Machine Learning Street Talk (22 juin), John Jumper a confirmé son départ et a contesté l'idée qu'AlphaFold soit un modèle de fondation générique : « Je n'aime pas vraiment la 'bitter lesson' telle que les gens tentent de l'appliquer. En réalité, AlphaFold 2 en est l'exact opposé. » Il a présenté l'extension d'AlphaFold 3 aux petites molécules comme le pont vers la conception de médicaments : « désormais, nous pouvons dire précisément où ce médicament se fixe », le socle sur lequel Isomorphic Labs bâtit ses programmes de développement de médicaments.

Un rare benchmark de cibles IA validé. La PDG de Verge Genomics, Alice Zhang, a révélé que dans son partenariat sur la SLA, 83 % des cibles issues de l'IA ont été validées lors d'expériences en laboratoire humide chez Lilly, bien au-delà du seuil de succès de 20 % fixé par Lilly elle-même, deux cibles ayant été intégrées, via option, au pipeline interne de Lilly (This Week in Startups, 22 juin). Elle a donné des chiffres précis sur le modèle de transaction techbio : « 25 à 42 millions de dollars d'avance... des jalons totalisant entre 700 et 800 millions de dollars chacun », sur l'ensemble des accords signés avec Lilly et AstraZeneca Alexion.

La stratégie IA de Lilly, vue de l'intérieur. La vice-présidente senior Mahi Ryassam a déclaré : « le volume d'innovations que j'ai observé au cours des 12 derniers mois dépasse ce que j'ai vu au cours des 10 années précédentes », et a décrit un cadre à trois filtres : d'abord le retour sur investissement en matière d'impact patient, ensuite l'honnêteté sur les cas où « l'IA n'est pas le meilleur outil », et enfin « réimaginer les flux de travail » plutôt que de simplement les automatiser (Transform NOW, 23 juin). Fait notable, elle a rejeté le cadrage « faire confiance à l'IA » : « nous ne disons pas réellement aux scientifiques de faire confiance à l'IA... l'IA est un outil comme un autre. »

Le débat

Modèles physiques contre modèles de langage. Ce fut la tension centrale de la semaine. Hittery a été direct : « nous devons vraiment dépasser les modèles de langage si nous voulons nous attaquer aux plus grands problèmes de la médecine... ce sont des modèles basés sur la physique » (Squawk on the Street, 23 juin). Le point de vue de Jumper, complémentaire mais distinct, est que les systèmes gagnants pourraient être des prédicteurs spécialisés et étroits, plutôt que des modèles généralistes ; AlphaFold « prédit une science de niveau naturel d'une simple pression sur un bouton, dans une catégorie très étroite de la science de niveau naturel » (MLST, 22 juin). L'implication pour l'investissement : un certain scepticisme quant à l'idée que le simple fait de faire monter en échelle les LLM vers la biologie soit la bonne voie.

La montée en échelle fonctionne-t-elle seulement en biologie ? Zhang a directement remis en question le récit de la montée en échelle appliqué à l'IA textuelle : « les plus grands gains que nous avons observés proviennent en fait de la montée en échelle des données et des modalités... il ne s'agit pas de rendre l'IA plus grande, mais de lui fournir la bonne paire de données » (TWiS, 22 juin). Son analogie lidar contre caméra, avec le tissu cérébral propriétaire comme « vérité terrain moléculaire de la maladie », redéfinit l'avantage concurrentiel comme relevant de la modalité des données, et non du calcul.

Équité d'accès dans l'obésité. Sur The Readout Loud (25 juin), la journaliste de STAT Lizzie Lawrence a détaillé comment Lilly et la FDA ont discrètement accordé à un seul patient de 79 ans, « bien connecté », l'accès au Reditrutide via un usage compassionnel, suscitant « l'intérêt de hauts responsables de la santé », ce qui n'est « pas habituel ». La réaction de la spécialiste de l'obésité Dr Angela Fitch : « il y a 40 millions de personnes auxquelles cela pourrait s'appliquer », et sa propre démarche auprès de Lilly est restée sans réponse.

Valeurs à suivre

Eli Lilly (LLY) a été la machine à transactions de la semaine. Le groupe a conclu une collaboration de recherche de 1,9 milliard de dollars avec Abbisko Therapeutics (24 juin), a bouclé l'acquisition de Centessa pour 7,8 milliards de dollars à 38 $ l'action plus un CVR pouvant atteindre 9 $ (24 juin), et s'est positionné avec des offres de stalking-horse pour les plateformes génomiques et le programme prion de Sangamo Therapeutics, en faillite (23 juin), un signe que Lilly acquiert à bon prix des capacités d'édition génique. Le groupe a également signé un accord neuro BrainTransporter avec BioArctic (30 M$ d'avance, jusqu'à 770 M$ de jalons, 22 juin). Les analystes sell-side ont suivi le mouvement : Leerink a relevé son objectif de cours à 1 232 $ (Surperformance) et Berenberg à 1 135 $ (Conserver). Sur le plan de l'accès, Lilly a détaillé son programme Medicare GLP-1 Bridge (50 $ par mois pour les patients éligibles de la Part D, effectif à compter du 1er juillet).

Schrödinger (SDGR) et Recursion (RXRX) n'ont enregistré aucun flux de podcast ou d'actualité spécifique à l'entreprise cette semaine. Les deux titres ont rebondi (SDGR +5,3 %, RXRX +3,4 %) dans le sillage de la rotation générale vers les small caps de la santé après le repli mené par la tech. RXRX, à 3,34 $, se situe juste au-dessus de son plus bas sur 52 semaines (2,77 $), avec une capitalisation boursière très inférieure à l'enthousiasme suscité par la techbio IA au BIO, un écart croissant entre le récit de plateforme et la valorisation sur les marchés publics qui mérite d'être suivi.

Effets induits

• NVIDIA (NVDA) continue d'étendre la portée de BioNeMo dans la chaîne biopharmaceutique ; l'accord avec Sandbox AQ constitue une preuve supplémentaire que la découverte de médicaments native GPU et basée sur la physique devient une infrastructure, et non plus une expérimentation.
• Alphabet (GOOGL)/Isomorphic Labs bénéficie conceptuellement de l'évolution de la capacité petites molécules d'AlphaFold 3 vers la conception réelle de médicaments, même si le départ de Jumper vers Anthropic soulève une question discrète sur la rétention des talents.
• Anthropic devient désormais un acteur de l'IA scientifique structurée ; le recrutement de Jumper signale des ambitions allant au-delà des modèles de chat généralistes, vers la prédiction biologique conçue de manière ciblée.
• Lilly en tant qu'acheteur d'écosystème : les opérations Abbisko, Centessa, Sangamo, BioArctic et AbSci (levée de 100 M$) montrent que LLY consolide à la fois des capacités de découverte par IA et des activités connexes au GLP-1, un débouché de demande stable pour les plateformes techbio capables de fournir des cibles validées.

Ce qui a changé par rapport à la semaine dernière

Le socle de cette semaine : le criblage basé sur la physique (Sandbox AQ avec NVIDIA) et les descendants d'AlphaFold spécialisés et étroits constituent les récits techniques dominants ; Lilly est l'acheteur stratégique le plus actif ; et les pure players techbio cotés en bourse (RXRX, SDGR) restent discrets et sous-valorisés par rapport à l'enthousiasme observé sur le marché privé et lors des conférences.